5,000 lat temu, zły Król Świata Umarłych Anubis został zabity i uwięziony przez Faraona Atema, gdyż zamierzał zniszczyć świat poprzez użycie zakazanej Gry Cieni. W obecnym dniu, grób Anubisa został odkryty przez archeologów, łącznie z tajemniczym skarbem zwanym "Piramidą Światła". W tym samym czasie chłopiec o imieniu Yugi ukończył Milenijną Układankę, w której zapieczętowana była dusza Faraona. W wyniku uwolnienia duszy Faraona, Anubis przebudził się z wiecznego snu, a Gra Cieni znowu się zaczęła...
