Fabuła Crimson S rozgrywa się przed wydarzeniami z pierwszej serii i w pewnym sensie stanowi wprowadzenie zarówno do niej, jak i do świata przedstawionego. Istnieje jednak parę rozbieżności pomiędzy oboma tytułami, a dotyczą one głównie momentu ostatecznego zawarcia kontraktu pomiędzy Phoronem a Corti.