Iori Kitahara rozpoczyna studia na uniwersytecie w nadmorskim mieście Izu i przeprowadza się do domu swojego wujka, który razem z dwiema córkami prowadzi tytułowy sklep nurkowy Grand Blue. Z niecierpliwością wyczekuje wymarzonego życia studenckiego, wypełnionego pięknymi dziewczynami i dobrymi przyjaciółmi.

Ale niestety sprawy nie idą zgodnie z planem. Po wejściu do sklepu napotyka grupę hałaśliwych, nagich osób ze starszych klas, którzy natychmiast chwytają i zmuszają go do udziału w ich zabawie alkoholowej. Choć początkowo niechętnie, Iori szybko ustępuje stając się duszą imprezy. A to przynosi mu pogardę jego kuzyna, Chisa Kotegawa, która niestety wkracza w najgorszym możliwym czasie. Mimo wpadki, Lori nadal wierzy w osiągnięcie swego idealnego życia w college’u, ale czy wszystko pójdzie zgodnie z jego planem?