Pewnego dnia Flota Mgły, wyposażona w super zaawansowaną broń, pojawiła się dosłownie znikąd i zaatakowała wybrane miejsca na Ziemi. Ludzkość ugięła się przed tą tajemniczą potęgą, tym samym zostając ostatecznie pozbawionym możliwości przemierzania mórz. 17 lat po tej niszczycielskiej, oceanicznej wojnie, Gunzou Chihayi i jego przyjaciołom jakimś cudem udaje się zdobyć łódź podwodną należącą do Floty Mgły. Zmieniają jej nazwę na I-401, po czym wyruszają stawić czoła adwersarzowi!